Historia - tehtaasta museoksi

Myllysaari on saanut nimensä myllyistä, joita vieressä kuohuvan kosken varteen on rakennettu jo vuosisatoja sitten. Varhaisimmat tiedot nykyisellä museoalueella sijainneista myllyistä ovat 1400-luvulta.
1800-luvulla Suomessa ryhdyttiin parantamaan liikenneyhteyksiä ja Valkeakoskellekin rakennettiin kanava 1866-1869. Pari vuotta kanavan valmistumisen jälkeen tamperelaiset liikemiehet  Granberg,  Willgren ja Helin ostelivat myllyjen tontteja Myllysaaresta ja perustivat paikalle paperitehtaan ja puuhiomon. 1930-luvun loppuun mennessä paperitehdas oli siirtynyt viereiseen Tervasaareen, mutta tuon vuosikymmenen alussa Myllysaaressa aloitti jalostustehdas Paperituote Oy.
Paperituote siirtyi suurempiin tiloihin vielä samalla vuosikymmenellä ja sotavuosina Myllysaaressa aloitti Jylhävaaran konepaja. Sodan jälkeen Jylhävaara valmisti monenlaisia koneita paperiteollisuudelle. Jylhävaaran pulttitehdas toimi nykyisen Valkeakosken kaupunginmuseon rakennuksessa  eli Vähälläpuolella 1970-luvulle, minkä jälkeen ja ennen museoimista siinä toimi eläkeläisten työtupa.  Suuremmassa rakennuksessa eli Isollapuolella toimi 1990-luvun puoliväliin asti Lotilan ammattikoulun oppilastyöpaja.
Myllysaaren museo aloitti toimintansa Vähälläpuolella vuonna 1981. Isopuoli kunnostettiin museokäyttöön vuonna 1997.

Kanava-alueen kunnostus
1800-luvulla rakennettu kanava jäi liian pieneksi 1940-luvulla ja nykyinen kanava rakennettiin vanhan viereen 1955. 1960-luvun alussa vanha kanava täytettiin. Vuosina 2002-2005 Myllysaaren museosäätiö kunnosti museoaluetta Euroopan Aluekehitysrahaston ja Pirkanmaan Ympäristökeskuksen tuella , missä yhteydessä vanha kanavauoma kaivettiin esille ja sen yli rakennettiin alkuperäisen mallin mukainen silta